Il débute en équipe première en fin de saison 1992-93 alors qu'il n'a pas encore dix huit ans, et qu'il vient à peine de boucler sa première année dans le Centre de Formation. Après 6 apparitions lors de ses trois premières saisons à Montpellier, "Little Baggio" commence à cotoyer régulièrement le groupe professionnel à partir de l'année 95-96. Cette saison-là, il marque 2 fois pour 27 matches (mais la plupart comme remplaçant).

Il devait éclater la saison suivante mais Rizzetto, Lefèvre et Ferhaoui étaient bien accrochés à leur place et le barraient pour un poste de titulaire. Il découvrira quand même la Coupe de l'UEFA et rentrera quelquefois en jeu pour participer aux "épopées" en Coupe (deux demi-finales). Avec un but en 19 matches, sa saison n'est tout de même pas aussi probante que la précédente. La saison suivante, il manque tout le début de saison en raison de ses participations aux Jeux Méditérannéen et aux Championnats du Monde Militaire duquel il revient avec un titre et une blessure. Il gagne néanmoins sa place de titulaire en fin de saison et marque deux fois en 13 apparitions.

En 1998-1999, il forme avec Robert un duo détonnant qui alimente les attaquants Bakayoko ou Gravelaine, puis Thimothée et Maoulida. Il marque en plus beaucoup (9 buts en 31 matches), et contribue au bon parcours de l'équipe qui finit 8è cette année-là, se qualifiant pour la Coupe Intertoto.

Lors de la saison 1999/2000, si l'équipe gagne la Coupe Intertoto, elle est reléguée en fin d'année. Philippe est un des rares joueurs à surnager puisqu'il finit la saison avec 6 buts et 5 passes décisives pour 29 matches joués. Il a même évolué avec le brassard de capitaine en l'absence de Silvestre, et été contacté au mercato par l'Inter de Milan. 6 mois plus tard, il signera à Rennes pour 43 MF et un contrat de 4 ans à la clé alors qu'il est sollicité par le PSG, Monaco, Bordeaux, St-Etienne, Lens, et quelques clubs étrangers.